東京的鐵路網絡星羅棋布、密度高、班次密，是大部分遊客的交通首選，但系統過於複雜、路線多，除非你已經是去過多次的「達人」，否則交通一定是個大難題。
給大家一點簡單概念前，先分享東京的鐵路網絡全圖，即使將JR、地鐵及私營鐵路分開，網絡仍然相當複雜。
其實無論是新手、經驗老到的「東京達人」，都沒有辦法一次就看懂，有一點經驗的旅客可以用「乘換案內」等app幫手；你沒有去過東京？還是第一次去日本玩？還是用簡單的方法，介紹適合遊客的路線吧。
本篇最佳使用時間：到達日本後
用途：協助新手在東京用簡單的方法乘車
難度：★★★
上圖標示的是遊客首次到東京，大多數會去的地方，基本上這些地方去光光，也不只五天七天的時間，所以第一次到東京基本上不用認識太多鐵路，圖中的四條路線已包括當中大部分地方。
對於新手，建議將行程作區域分類，就好像以下的情況。
東京的JR路線以縱向為主，橫向的只有橙色的中央線，所以橫向遊玩交通比較不方便（多數需要地鐵輔助），作為新手最簡單的規則是「少轉車為先」，因為在新宿等巨型車站轉車並不是容易的事情（請參考新宿車站輕鬆上手（站內篇）、新宿車站輕鬆上手（站外篇）），一時不留神便會上錯車，去了更遠的地方；所以從東京的中央畫出一條線，盡量將旅遊點集中玩，交通上更容易安排，犯錯的機會也更低。
參考區域分類，宜將同一區域的行程放在同一天
1) 池袋、新宿
2) 原宿、澀谷、代官山／自由之丘
3) 上野、淺草、晴空塔
4) 東京、秋葉原
5) 銀座、築地
6) 六本木、東京鐵塔
7) 吉祥寺、三鷹
這樣分區的好處是：基本上全日只需要依賴一條鐵路，就不用煩其他路線。
當然想走多點地方也可以將兩區拼合在同一天，但要注意將1) 新宿、3) 上野，一個在東，一個在西，放在同一天並不理想。
在這四條路線當中，旅客最常接觸、最有名的一定是「山手線」，基本上每次到東京，都一定會坐到最少一次。
「山手線」是環繞東京最精華地區的路線，一共有29個車站，其中27個都可以轉乘其他鐵路，所以乘搭人次也是數一數二。
對於東京新手來說，「山手線」配搭「中央線」已可以到很多地方，就算你的目的地不在「山手線」區內，多數也只需要轉車一次就足夠。
其他目的地「山手線」轉車站：
羽田機場：濱松町（東京單軌電車）
台場：大崎（臨海線）、新橋（百合鷗號）
迪士尼園區：東京（京葉線）
淺草：上野（地鐵銀座線）
晴空塔：新橋（都營淺草線）、澀谷（地鐵半藏門線）
六本木、東京鐵塔、銀座、築地：惠比壽、秋葉原（地鐵日比谷線）
吉祥寺、三鷹：新宿（中央線各站停車、快速）
「山手線」轉乘JR其他路線也是非常方便，部分車站更安排在同一月台轉車；新幹線在東京都內的三個車站，都可以轉乘「山手線」。
「山手線」同一月台轉車：
新宿：中央線各站停車（黃線）
田端至田町各站：京濱東北線（藍線）
「山手線」採取循環形式運行，順時針稱為「外環」、逆時針的稱為「內環」，而且只有單一種列車，就是每個車站都必定停車，這種方式的好處是坐過頭或者迷路，只要你一直不下車，一定可以回到起點，也可以再次到目的地，只是比較浪費時間罷了，當然坐過頭的這也可以到對面月台，坐回頭車就行。
JR東日本將在2016年10月引入「車站號碼」制度，對於不懂日文的旅客來說，辨認車站會更加方便，對華人地區的新手來說，號碼也有一點幫助，因車站號碼會一個個增加／減少（除了JY26的號碼預留給2020年啟用的新車站外），例如由東京去上野，就是01坐到05，數著車站的數目也知道是下車的時候。
在「山手線」區內的地方，乘「山手線」一定是最方便，例如新宿至品川，由於沒有地鐵、私鐵的競爭，「山手線」完全佔據優勢，對於新手而言只剩下一個問題，就是「坐那個方向才對？」
的確「山手線」有「外環」跟「內環」，其實乘那一方向都必定會到，只是時間問題，準確選擇方向可以幫你省一點時間，在新宿往品川的例子，最理想便是：
新宿至品川：逆時針（內環）
品川至新宿：順時針（外環）
不過在車站大的指示牌，並未明確標示外環、內環，所以有時候要依靠路線圖了解，例如在新宿車站，「內環」的標示是前往「原宿、澀谷、品川」
那就代表前往「代代木、原宿、澀谷、惠比壽、目黑、五反田、大崎、品川」都是這邊比較近；至於前往「池袋、日暮里、上野」就應該乘反方向（外環）的列車。
一條「山手線」當然不能滿足所有需要，其實東京還有一條極方便的「中央線快速」，是「東京車站」前往「新宿」的捷徑，只需要13分鐘，較「山手線」的31分鐘短，而且不用轉車，所以有需要橫向移動的話，「中央線」是必經之路。
不過「中央線」在橫向也不一定是萬能，由新宿到上野就是個好例子：
如果使用「乘換案內」等行程規劃app，新宿往上野一定會推介「方法2」，也就是先坐「中央線快速」，在神田轉「山手線」，車程需要22分鐘，較只坐「山手線」少3分鐘，這個方法對於趕時間的人來說是正確的，但對於初到東京的新手來說就有點危險，因為這個方法要轉車一次；反而「方法1」也說是一直坐「山手線」，自然不需要轉車，而且兩個方法的時間只相差3分鐘，也就是泡一個杯麵的時間而已，新手不值得冒這個險，所以我個人建議是直接坐「山手線」。
說了這麼多「山手線」，也應該花一點時間說說地鐵，地鐵系統比JR複雜，但好處是站比較多，也比較密，換言之去目的地比較方便，例如六本木、銀座、築地、淺草、晴空塔、代官山、自由之丘這些地方，就是JR伸手不及之處，乘地鐵到這些地方有很大優勢。
其中咖啡色的「副都心線」非常重要，它自2013年3月16日開始，與地下化的「東急東橫線」直通（即同一列車直接駛往另一路線繼續行駛）後，由池袋、新宿到代官山、自由之丘可以不轉車直達，安排行程上便可以更靈活，例如是新宿配搭自由之丘的一天遊。
「副都心線」直通最遠可以到橫濱的中華街，由「新宿三丁目」往「中華街」最快只需要50分鐘；而且「副都心線」跟「山手線」一樣，將池袋、新宿、澀谷這三個熱鬧區域串連，是「山手線」以外的選擇（特別是使用地鐵24-72小時券的朋友），只不過要留意「副都心線」的「新宿三丁目」跟「山手線」的「新宿」相距十分鐘路程，「新宿三丁目」比較近伊勢丹百貨那邊，不要弄錯。
還有一條比較常用的地鐵路線是「日比谷線」，它連接了六本木、東京鐵塔、銀座、築地這四個遊客必到之地，所以也可以考慮沿著「日比谷線」來個一天遊，可以玩到很多地方。
補充：築地市場附近有兩個地鐵車站，分別是「日比谷線」的築地站以及「都營大江戶線」的築地市場站，兩個站相距大約750米，走路大約10分鐘，雖然相差也不算太遠，但一不小心弄錯路線，到達錯誤的車站，迷路也比較麻煩，所以應該留意目的地看看到底要乘坐哪條路線，或者預先規劃步行路線。
場內市場：「都營大江戶線」築地市場站
場外市場：「日比谷線」築地站
築地本願寺：「日比谷線」築地站
以上這四條路線對東京新手來說，基本上已滿足大部分需要，至於是否需要買什麼優惠票券，我個人的規劃通常是先排好行程，再來決定買什麼車票好。
因為如果堅持購買「地鐵72小時券」，而你行程又打算安排「新宿往上野」的話，就會比較麻煩，因為乘地鐵就先要搭「丸之內線」到「赤坂見附」轉乘「銀座線」到上野，雖然「赤坂見附」的轉乘是全地鐵系統中最方便（同一月台對面軌道轉車），但相對於JR的22／25分鐘，地鐵需要30分鐘才到，這種路線比較不推薦。
當然「地鐵72小時券」只需要1500円，三天內搭10次已值回票價，單買三天的JR一日票（東京都市地區通票）加上「地鐵24小時車票」需要2000円左右，最重要是你的行程是以靈活為主，還是省錢為主，有時候單用Suica卡（等同香港的八達通、台灣的悠遊卡、一卡通）可能比較實際。